Композиция романа столь же оригинальна, как и жанр, – роман в романе. Один – о судьбе Мастера, другой о Понтии Пилате. С одной стороны, они противопоставлены друг другу, с другой – как бы образуют единое целое. Этот роман в романе собирает в себя глобальные проблемы и противоречия. Мастера волнуют те же проблемы, что и Понтия Пилата. В конце романа можно заметить, как Москва соединяется с Ершалаим, то есть один роман совмещается с другим и переходят в одну сюжетную линию. Читая произведение, мы находимся сразу в двух измерениях: 30-е годы XX века и 30-е годы I века новой эры. Мы видим, что события происходили в одном и том же месяце и в несколько дней пред Пасхой, только с промежутком в 1900 лет, что доказывает глубокую связь между московскими и ершалаимскими главами. Действие романа, которые разделены почти двумя тысячами лет, гармонируют между собой, а связывает их борьба со злом, поиск истины творчество.