Говоря о «природной грамотности», имеют в виду способность быстро (подсознательно), воспринимать грамматическую структуру предложения. Видя начало нашего предложения, грамотный человек осознает, что открыл придаточное, а в нем - деепричастный оборот. Значит, сначала надо будет закрыть то и другое, а затем начать главное. А раз так, добавить надо не меньше двух запятых: Когда ребята, увидев учителя, побежали в класс, произошло нечто неожиданное.