В 1907 году его биография была омрачена таким событием, как смерть отца. Афанасий Булгаков скончался от нефросклероза. Возможно, врачебная биография Михаила началась именно со смерти близкого человека. Булгаков хотел уметь спасать людей. Поэтому, в 1909 году он поступил на медицинский факультет Киевского университета.